På mitten av 1590-talet gjorde kung Naresuan mer eller mindre årliga räder in i Peguregionen och 1595 hotade siameserna själva staden Pegu dit Nanda Bayin retirerat, men en burmesisk styrka från Toungoo tvingade kung Naresuan att dra sig tillbaka. Städerna Ava, Prome och Toungoo regerades alla av Nanda Bayins bröder. Regenten eller vicekungen av Toungoo (r. 1584-1597), som i flera källor kallas Toungoo Min, var en kusin till Nanda Bayin. Bröderna kallas oftast guvernörer.

Då Toungoo Min hjälpte Pegu mot siameserna passade hans bror Pyi Min på att dra fördel av broderns frånvaro och attackerade Toungoo. Pyi Min, eller vasallkungen av Prome, var förtörnad över att han inte utnämnts till kronprins och menade att Toungoo Min låg bakom detta. Detta blev början till en större revolt i Burma.

Toungoo Min bröt sig nu ur det gamla burmesiska riket och blev till kung Minye Thihathu II (Mengye Sihatu 2) เมงเยสีหตูที่ 2 (r. omkring februari 1597-11 augusti 1609) av Toungoo. Han var född omkring den 6 augusti 1550 och därmed 46 år gammal vid sitt trontillträde, men han blev inte krönt förrän den 21 mars 1603. Det som kallats den återupprättade Toungoodynastin börjar 1597.

Därefter ingick Minye Thihathu II en allians med kungen av Arakan. Han bad sedan Arakan om hjälp med att attackera Pegu. En attack genomfördes också och 1599 belägrade en stark arakanesisk flotta staden Syriam (Siriam) สิเรียม som intogs samma år. Syriam är i dag känt under namnet Thanlyin (Tanlayin) ตานลยีน. De skaffade sig därmed ett brohuvud i landet och Syriam skulle senare komma att lyda under en av Arakans portugisiska legosoldater och äventyrare, Filipe de Brito e Nicote (Filip doe Britto) ฟิลิป เดอ บริตโต (?-april 1613) 1602. Det kommer mer om denne man och hans öde längre fram.

Efter att ha erövrat Syriam satte arakaneserna iland en arméstyrka som förenade sig med Minye Thihathu II:s armé vid Pegu. Pegu belägrades, intogs och plundrades grundligt. När de två allierade drog sig tillbaka två månader senare satte de eld på Pegu och deporterade tusentals mon. Man hade också lyckats ta kung Nanda Bayin till fånga och han var nu på väg till Toungoo. Bytet från Pegu hade delats och Minye Thihathu II hade fått Nanda Bayin och "Buddhas tand”, medan Arakan fick en prinsessa och de kungliga vita elefanterna.

Minye Thihathu II hade faktiskt erbjudit kung Naresuan att delta i invasionen av Pegu. Vilka eventuella baktankar han hade med detta erbjudande är lite oklart. Hur som helst begav sig kung Naresuan till Burma samma år, med avsikt att göra landet till en siamesisk vasallstat. Tidigare samma år hade det utbrutit en revolt mot siameserna i de delar av Pegu som nyligen erövrats av Siam, men ordningen hade tillfälligt återställts.

Det visade sig att kung Minye Thihathu II stod bakom revolten genom att skicka agenter till Martaban och andra delar av Pegu för att uppmuntra befolkningen till uppror. När Naresuan kom fram till Pegu i oktober 1599 fann han bara rykande ruiner. Han beslutade sig nu för att invadera Minye Thihathu II:s territorium och ge honom ett passande straff. Naresuan marscherade därför norrut i ett försök på att få lagt vantarna på kung Nanda Bayin.

Snart belägrades Toungoo, men Naresuans styrkor drabbades hårt av sjukdom och svält och i maj 1600 upphörde belägringen. Den misslyckade belägringen var den första egentliga militära förlust som kung Naresuan fick uppleva. Naresuan återvände till Siam via Martaban. Innan han återvände till Ayutthaya utnämnde han en mon till vasallkung över Martaban och en över Tavoy. Omkring sex års ostabil fred, 1600-1605, följde efter den misslyckade siamesiska expeditionen i Burma.

Kung Nanda Bayin som misslyckats att hålla samman sitt rike hade vanärats och förts till Toungoo där han 64 år gammal blev förgiftad och dog den 30 november 1600. Så slutade livet för den väldige erövraren Bayinnaungs son. Han lämnade ingen egentlig tronföljare efter sig och Burma skulle nu få uppleva sex år av inre splittring.

Efter Pegus fall försvann nämligen all sammanhållning i Burma och Siam härskade härefter över Nedre Burma från Martaban och söderut. En samling furstar delade resten av landet. medan de Brito som omtalat hade Syriam som sin bas, med Arakans goda minne. De Brito hade uppenbart egna stora planer som härskare.