Efter att ha varit relativt lugnt i södra Thailand ökade våldet igen under 1990-talet. Detta skedde efter att malajiska intellektuella hade påverkats av islamistiska idéer från Mellanöstern. Barisan Revolusi Nasional (BRN) som bildades 1963 splittrades senare i tre rivaliserande fraktioner. Det fanns också flera andra grupper som arbetade självständigt och konkurrensen mellan dessa bidrog till att ytterligare eskalera våldet.

De mest militanta fraktionerna var BRN-Coordinate (BRN-C) (Khabuan Kan Naeo Ruam Patiwat Haeng Chat Malayu Pattani-Khodinet) ขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี-โคออร์ดิเนต och BRN-Congress บีอาร์เอ็น คองเกรซ. BRN-C sägs ha bildats då BRN:s taktik inte var "hård" nog! I stället för direkta attacker mot den thailändska armén och frivilligstyrkor som bekämpade dem började man i stället med direkta avrättningar och bombdåd mot civilbefolkningen.

Det ansågs att Pattani United Liberation Organisation (PULO) fungerade som koordinator mellan grupperna, men mycket lite var och är känt om sammansättningarna eller ledarskapet i de olika grupperna.

Vilket mål BRN-C och PULO har haft för sin verksamhet har heller aldrig varit helt tydligt. Enligt de som tillhört organisationerna och de som varnats för att samarbeta med de thailändska myndigheterna har våldsverkarna i söder som mål att separera provinserna Yala, Narathiwat och Pattani samt halva Songkhla från Thailand. Detta område skulle sedan ingå i ett sydostasiatiskt kalifat รัฐเคาะลีฟะฮ์ som skulle sträcka sig från Mindanao มินดาเนา till Arakan (Rakhine) och Dhaka (Thaka) ธากา.

I början utkämpades kampen mot den thailändska regimen främst i djungeln, i form av gerillakrig mot militären och polisen. Senare attackerades även thailändska regeringsrepresentanter och "kollaboratörer." Bland dessa fanns det buddhistmunkar, lärare, hjälparbetare och andra civila. I arsenalen av grymheter förekom det att man skar halsen av folk och försök till etnisk rensning genom att fördriva vad de kallade "siamesiska buddhister."

I augusti 1996 sattes 36 skolor i brand i Yala, Pattani och Narathiwat. Det thailändska inrikesministeriet och den thailändska underrättelsetjänsten rapporterade att terroristerna använde sig av arbetslösa ungdomar och narkomaner för att utföra terrordåden.

Under åren 1993-2000 förekom relativt få våldsamma incidenter med separatistiska förtecken i södra Thailand. År 2001 ökade de märkbart igen enligt statistik från det thailändska inrikesministeriet. Under 2001 dödades 19 polismän och det förekom 50 våldsamma incidenter i de tre värst drabbade provinserna Pattani, Yala och Narathiwat.

Under 2002 attackerades flera polisstationer där dissidenterna lade beslag på stora mängder vapen och ammunition. Samma år dödades omkring 50 poliser och soldater och det rapporterades 75 allvarliga incidenter. 2003 rapporterade officiella källor 119 incidenter. Mellan januari och slutet av oktober 2004 rapporterades att 500 personer ska ha dödats. Bland dessa fanns civila, poliser och soldater.

Tidigt på söndagsmorgonen den 4 januari 2004 sköts fyra soldater ihjäl i fjärde utvecklingsbataljonens militärläger (khai thahan khai kongphan phatthana thi 4) ค่ายทหารค่ายกองพันพัฒนาที่ 4 i distriktet Cho-airong (Chao-airong) เจาะไอร้อง i provinsen Narathiwat. Omkring 30 beväpnade män genomförde en räd mot lägret och de lyckades lägga beslag på 413 automatvapen av typen M16 เอ็ม 16 och AK-47 เอเค 47, granater och annan militär utrustning.

(Distriktet Cho-airong i provinsen Narathiwat)

Några minuter innan attacken hade det börjat brinna på ett tjugotal statliga skolor. Någon källa talar om 30 förstörda skolor. En del av bränderna hade anlagts med hjälp av bensinindränkta myggnät och påsar. För att fördröja eventuella förföljare och brandbilar hade man lagt ut spikar på en del vägar och fällt träd över andra. Premiärminister Thaksin sammankallade samma dag chefer från armén och polisen till ett krismöte.

(Brinnande skola i Narathiwat)

Enligt ett uttalande från regeringstalesmannen Jakrapob Penkair (Chakraphop Phenkhae) จักรภพ เพ็ญแข (21 oktober 1967-) handlade det inte om internationell terrorism utan om interna thailändska problem. Undantagstillstånd förklarades i provinserna Pattani, Yala och Narathiwat samt i fyra distrikt i Songkhla. Malaysia ombads att stänga sin gräns för att förhindra att de skyldiga skulle gömma sig där och thailändsk militär inledde en jakt på förövarna.  

(Jakrapob Penkair)

Ingen visste säkert vem eller vilka som låg bakom attackerna. Tidigare attacker hade växelvis skyllts på muslimska terroristgrupper, kriminella eller banditer. Flera av de oroliga södra provinserna hade under långa perioder lytt under undantagslagar vilket kritiserats av religiösa muslimska ledare.

Måndagen den 5 januari 2004 fortsatte våldet med två bombdåd i Pattani. I det första skadades en polisman lindrigt då en man på motorcykel kastade en hemmagjord bomb några meter från en poliskur. Senare på eftermiddagen dödades två polismän som skulle desarmera en misstänkt bomb fäst vid en motorcykel. Längre fram i januari tog våldet en ny vändning när flera buddhistmunkar mördades i Narathiwat och Yala.

Advokaten och människorättsaktivisten Somchai Neelaphaijit (Somchai Nila-phaichit) สมชาย นีละไพจิตร (13 maj 1951-mars 2004?) menas ha förts bort av den thailändska underrättelsetjänsten i Bangkok den 12 mars 2004. Enligt ögonvittnen hade en grupp män dragit ut Somchai ur hans bil och tvingat in honom i en annan på Ramkhamhaeng Road (Thanon Ramkhamhaeng) ถนนรามคำแหง i Bangkok.

(Somchai Neelaphaijit)

Somchai företrädde vid den här tiden fem muslimska klienter som anklagats för den ovan nämnda attacken på militärbasen och vapenstölden i januari. Bortförandet förmodas ha genomförts för att stoppa honom från att lägga fram bevis för polistortyr av två av hans klienter. Det visade sig senare att säkerhetsstyrkorna använt sig av elchocker på en av de fängslades testiklar, vilket styrkts av en medicinsk rapport.

Dagen efter Somchais försvinnande oroades allmänheten över vad som hänt, men Thaksin kommenterade försvinnandet på följande sätt; "Var inte oroliga. Jag har fått veta att han bråkat med sin fru och han kommer förmodligen tillbaka om en eller två dagar." Du kan läsa mer om Somchai och hans fru Angkhana Neelaphaijit (Angkhana Nilaphaichit) อังคณา นีละไพจิตร (23 mars 1956-) längre fram i avsnittet ”Abhisit Vejjajiva och Thaksins försök till återkomst,” artikeln ”Rättegången angående den försvunna advokaten Somchai Neelaphaijit (21 januari 2011).”

(Angkhana Neelaphaijit)

Ibland har regimen skyllt oron i söder på muslimska separatister som tröttnat på fattigdom och diskriminering från centralregimen i ett buddhistdominerat Thailand. Professor Ronald J. May, som var expert på muslimska rörelser i Sydostasien, menade att militanta muslimer i södra Thailand kunde ha samröre med internationella terroristgrupper såsom Jemaah Islamiyah ญะมาอะห์ อิสลามียะห์.

(Ronald J. May)