Efter Narais död låg vägen öppen till tronen för Phetracha. Den 31 juli eller den 1 augusti 1688 lämnade Phetracha Lopburi och begav sig till Ayutthaya. Han hade med sig den avlidne kungen Narai. När han anlände till huvudstaden utropade Phetracha sig själv till ny kung och blev krönt med titeln Somdet Phra Phetracha สมเด็จพระเพทราชา (r. 11 juli 1688-februari 1703). Det fanns några ämbetsmän som tidigare hade motsatt sig Phetracha som kung, men de hade ändrat sig efter hot om våld!
Det kan vara intressant att notera att en del thailändska historiker menar att Phetracha inte var intresserad av att bli kung. De franska missionärerna vid den här tiden var emellertid av motsatt uppfattning. Trots dessa åsiktsskillnader är man dock överens om att han var en mycket viktig person med stort inflytande under denna turbulenta tid i Thailands historia. Många officerare hyste stor respekt för honom och det sägs att han var en fromt troende buddhist. Detta gav honom också stöd från många munkar, som vid den här tiden fruktade att landet var på väg att bli kristet.
Phetrachas kröning den 1 augusti 1688 blev storslagen. Phetracha kom emellertid till makten som usurpator och under hela hans dynastis 79 år långa regeringstid skulle han och hans tronföljare förföljas av detta faktum. Den dynasti som började med Phetracha kallas för Ban Phlu Luangdynastin (Ratchawong Ban Phlu Luang) ราชวงศ์บ้านพลูหลวง, som också skulle bli Ayutthayas sista. Namnet Ban Phlu Luang บ้านพลูหลวง härstammar från den ort i Suphanburi där Phetracha var född.
En källa säger att Pattanis regent skickade en militär styrka på 15 000 man mot Ayutthaya när Phetracha blev kung. De hade dock blivit besegrade av en överlägsen siamesisk armé som i sin tur invaderade Pattani 1688. Detta orsakade politiskt kaos i Pattani de kommande årtiondena. De lokala ledarna var oförmögna att kuva laglösheten i regionen och de flesta utländska handelsmännen valde att avsluta sin handel med Pattani.
Enligt den franske officeren de la Touche fördes ”alla” fransmän och engelsmän från Lopburi till Ayutthaya den 1 augusti 1688 dit de anlände den 3 augusti. La Touche, som själv fanns med bland dessa fångar, skrev att även de Fretteville och tre andra franska officerare fanns med bland fångarna.
Den 9 augusti 1688, enligt de la Touche, ska samtliga fem officerare, inklusive han själv, ha skickats till Bangkok. Andra källor talar om den 12 augusti. De skickades inte direkt till general Desfarges, utan hölls i fängsligt förvar i nästan en månad innan de lämnades över till Desfarges tidigt i september. Enligt en källa så skickades de till “malajernas general,” som förmodligen var en högt respekterad legosoldat i siamesisk tjänst, som var kommendant i fortet på Thonburisidan av Chaophrayafloden.
Förmodligen på grund av sin osäkerhet gifte sig Phetracha med kung Narais tidigare omtalade dotter Yothathep och Narais syster Yothathip (Kromma Luang Yothathip) กรมหลวงโยธาทิพ. Därigenom omgav han sig med något av Narais kungliga glans och såg också till att hans avkomma fick kungligt blod från åtminstone en sida.
Phetracha gjorde också det osedvanliga att förära två av de följeslagare som hjälpt honom till makten med kungliga titlar. De två var Nai Chopkhotchaprasit นายจบคชประสิทธิ์ (?-?) och Khun Ongkharaksa ขุนองครักษา. En alternativ stavning är Khun Ong Raksa ขุนองค์รักษา.
Uppenbart fick Khun Ongkharaksa först titeln Phraya Surasongkhram พระยาสุรสงคราม och senare titeln Chaophraya Surasongkhram เจ้าพระยาสุรสงคราม. Det verkar som om de båda fick lika höga titlar och var kanske bägge bosatta i Bakre palatset. Den som var bosatt i Bakre palatset var också känd under titeln Krom. Maha Uparat Sorasak blev emellertid avundsjuk på sina kungliga rivaler och ordnade inom ett år en komplott som resulterade i att de båda blev mördade.
Sonen Luang Sorasak utnämndes till Maha Uparat och han bosatte sig i Främre palatset och 1688 blev han den förste Maha Uparat som fick titeln Krom Phra Ratchawang Bowon Sathan Mongkhon กรมพระราชวังบวรสถานมงคล. Denna titel skulle sedan existera i nästan 200 år och kan översättas till vicekung eller andrekung.
Under sin regeringstid ändrade Phetracha namnet på Främre palatset till Phra Banthun Yai พระบัณฑูรใหญ่ och namnet på Bakre palatset till Phra Banthun Noi พระบัณฑูรน้อย.
I december 1689 kom den siamesiska ambassaden välbehållen hem från Frankrike. Phetracha släppte sin franska gisslan och återinförde religionsfrihet samtidigt som han förde en politik som skulle göra slut på utländskt politiskt inflytande i riket.
En tysk läkare och kirurg vid namn Engelbert Kaempfer เอนเยลเบิร์ต แกมเฟอร์ (16 september 1651-2 november 1716) besökte Ayutthaya 1690. Han hade kommit dit med en nederländsk delegation på väg till Japan. Trots att han bara stannade mindre än en månad i Ayutthaya ritade han kartor över staden och gjorde anteckningar om staden som senare givits ut i bokform.
Kort tid efter att Phetracha blivit kung revolterade Nakhon Ratchasima (Khorat) och Nakhon Si Thammarat och de kommande åren blev en farlig tid för kungen och hans son. Phetracha fick ägna stor kraft åt att kuva guvernören i Nakhon Ratchasima. Ayutthayas tidiga försök att storma staden misslyckades och det finns källor som säger att Phetracha lät kalla hem kommendanterna till Ayutthaya. Där lät han piska och vanära dem och de fråntogs sina egendomar och många ska ha blivit avrättade.
En ny armé skickades därefter till Khorat och till sist lyckades man sätta eld på staden med hjälp av drakar som bar med sig glödande aska i korgar in över staden! Här finns årsangivelserna 1690 och 1691 beroende på källan. En källa säger att det tog tre år att kuva Khorat. Khorats guvernör lyckades dock fly söderut där han slog sig samman med rebeller vid Nakhon Si Thammarat. Det finns lite varianter i olika källor angående hur man brände ner Khorat. En källa talar i stället om lerkrukor med olja och en annan variant talar om krukor med krut med långa stubintrådar.
Att man inte lyckades inta Khorat från början tyder på att guvernören hade folkligt stöd och det talas också om support från en känd lokal munk. När staden sedan brändes måste det ha skapat ilska och grogrund för fortsatta kommande uppror i området.
Ayutthaya skickade en straffexpedition söderut 1690 då Pattani inte hade skickat sin årliga tribut. Armén bestod av 100 båtar med omkring 10 000 soldater. Denna kampanj tog enligt källan också tre år. I samband med denna expedition lyckades man också döda Khorats guvernör medan Nakhon Si Thammarats guvernör lyckades fly med livet i behåll. Detta ska han ha lyckats med tack vare hjälp från en malaj i Ayutthayas armé. Enligt nederländarna hade även Kedah och Phatthalung revolterat. Pattani kuvades men hur det gick för Kedah och Phatthalung känner jag inte till.
Ett nytt mycket allvarligt uppror, som var nära att störta Phetracha, startade 1694. Det finns dock källor som säger att upproret startade redan 1689 eller 1690! Upproret leddes av en peguan vid namn Thammathian ธรรมเถียร, som hade varit följeslagare till Narais halvbror Aphaithot. Då Aphaithot blev mördad hade Thammathian gått i kloster. Efter att ha lämnat klostret samlade han mellan 500 och 2 000 följeslagare från området vid floden Pa Saks nedre lopp omkring Saraburi och Nakhon Nayok. Hans mest militanta följeslagare kom från Lopburi.
Thammathian begav sig nu mot Ayutthaya förklädd som den folkligt populäre Aphaithot. Han nådde fram till Ayutthaya i närheten av Wat Maha Lok วัดมหาโลก och Wat Monthop วัดมณฑป. Enligt holländarna rasade striderna i tre dagar och då Thammathians elefant träffades av en kanonkula från fortet Maha Chai och han själv ramlade av och skadade sig fick hans anhängare panik och skingrades.
Thammathians försök att erövra tronen slutade sedan med att han fångades in och morgonen därpå avrättades han vid Wat Si Fan วัดสีฟัน. Det finns andra källor som säger att det var Luang Sorasak som sköt och dödade Thammathian. De av hans följeslagare som inte lyckades fly blev piskade och misshandlade och de som inte avrättades tvingades att bygga djonker, fängslades eller fick samla gräs till kungens elefanter.
Framgångarna med att kuva sina motståndare blev ofta kortlivade och 1698 utbröt ännu ett uppror i Khorat. En helig man vid namn Bun Kwang บุญกว้าง försökte befria Isan från siameserna och göra landet självständigt. Han lyckades därefter inta Khorat där han enligt en källa befann sig i ett år. Liksom med Thammathian ryktades det att Bun Kwang var en släkting eller tidigare följeslagare till kung Narai.
Med en bondearmé på 4 000 man, 100 hästar och 84 elefanter marscherade Bun Kwang sedan mot Lopburi. Ayutthaya mobiliserade en armé på 5 000 man och endast 60 kilometer från rebellernas mål gick siameserna till motangrepp och besegrade Bun Kwangs armé. Bun Kwang själv ska ha blivit dödad. Som hämnd ska siameserna ha torterat och dödat oskyldiga bönder och lokala handelsmän i Khorat och hängt upp deras kroppar på stadsmuren. Detta enligt nederländska källor.
Nederländarna menade att Narais dotter Yothathep och flera adliga inklusive Kosa Pan låg bakom revolten som ville störta Phetracha. Oavsett sanningshalten i detta så passade Phetracha på att avrätta minst 48 adliga, varav flera med ministertitlar. Även en del malajer och ett par japanska ledare avrättades. Kosa Pan dog av sjukdom, som möjligtvis kan ha skyndats på av misshandel, eller att han tog sitt eget liv.
De återkommande upproren gjorde att åtminstone delar av administrationen ständigt hölls i beredskap och att trupper stod stridsberedda under en stor del av Phetrachas regeringstid. Phetracha passade då förmodligen på att rensa ut ämbetsmän som varit lojala mot Narai och genom att kalla in män från de upproriska provinserna till militärtjänst kunde han hålla dem i schack.
Det ska nämnas att en smittkoppsepidemi härjade i Siam 1695 och som pågick in på året 1696. Detta fick till effekt att handeln med Sydostasien och Kina kraftigt minskade under denna period. Det skulle dröja ända till 1703 innan handeln med Kina började återhämta sig.
Phetracha blev far till ytterligare två söner födda av drottningar. Drottning Yothathip fick sonen Phra Khwan (Chao Phra Khwan) เจ้าพระขวัญ (1691-1703) och drottning Yothathep fick sonen Trat Noi (Chao Fa Trat Noi) เจ้าฟ้าตรัสน้อย (född 1694).
Då dessa söner blev äldre började Sorasak frukta att han inte skulle få ärva tronen och när Phetracha blev allvarligt sjuk tidigt 1703 lät Sorasak helt enkelt mörda Phra Khwan, som hade blivit populär bland folket. Trat Noi klarade sig undan genom att bli munk. Detta var den tredje sonen till Phetracha som Sorasak röjde ur vägen och rasande utsåg Phetracha, som låg på sin dödsbädd, sin brorson prins Phichaisurin (Chao Phra Phichaisurin) เจ้าพระพิชัยสุรินทร์ till tronarvinge.
Kung Phetracha dog vid 70 eller 71 års ålder den 5 februari 1703. Prins Phichaisurin vågade dock inte utmana Sorasak och hävda sin rätt till tronen och lämnade därför vägen öppen för honom.