Den 17 mars 1686 anlände kapten John Coates till Mergui med fartyget Robin. John fick inte den välkomst han hade förväntat sig. Samuel väntade dock med att ta itu med honom tills Thomas Yale hade rest i väg. Det hade kommit order från Ayutthaya att John skulle skickas dit så fort som möjligt. Samuel hade inte berättat för Constantine, eller någon annan, att han gett John tillstånd att agera på egen hand och det antogs därför vid hovet i Ayutthaya att John hade agerat på eget bevåg.

Den 20 mars seglade Thomas Yale i väg från Mergui. Nu när Samuel var ensam med John Coates fick han veta vad Samuel ansåg om hans tidigare bravader och John och Joseph de Heredia beordrades att resa till Ayutthaya. Samuel ökade nu takten i sin jakt på fartyg och byten. Han beslagtog ännu ett fartyg vid namn Santa Cruz som tillhörde Joseph Demarcora och både han själv och hans son fanns ombord.

Samuel lät några av sina egna män ta befälet över fartyget, men behöll största delen av den armeniska besättningen. Han tänkte sälja lasten i Aceh. För att förhindra ett myteri på fartyget behöll han Joseph Demarcora och hans son som gisslan. Francis Davenport tog en personlig risk genom att skriva direkt till Constantine och berätta om affären med Santa Cruz, men detta resulterade dock inte i några åtgärder från Constantines sida.

Förklaringen till detta kan vara att det funnits någon privat överenskommelse om att Samuel och han delade bytet emellan sig i den här typen av affärer. Det verkar också som om Constantine inte visste hur mycket pengar Samuel tjänade och Samuel var säkert heller inte intresserad av att han skulle få veta det.

Förutom de många erövrade skeppen bedrev Samuel faktiskt också vanlig "hederlig" handel. Det är intressant att notera att folk från kompaniet fortfarande gjorde affärer med honom, trots hans alltmera skamfilade rykte.