Det kom en kunglig engelsk proklamation 1686, som fråntog engelsmän rätten att arbeta på utländska fartyg. För att se till att detta följdes och för att yrka på ersättning för förluster för kompaniet skickades två engelska örlogsfartyg till Mergui i juni 1687. Detta var för att Siam, enligt engelsmännen, gav skydd åt pirater som attackerade engelska fartyg.

Den 21 juni anlände fartyget HMS Curtana เคอทานา och den 25 juni anlände fartyget HMS James เจมส์ till Mergui. Detta kom som en obehaglig överraskning för Samuel som hade trott att engelsmännen först skulle dyka upp i oktober. Samuel lät förstärka Merguis försvar och den 26 juni hade han ordnat ett relativt starkt sådant. Han ville dock till varje pris undvika en sammandrabbning med engelsmännen.

Francis Davenport begav sig plötsligt ut till ett av de engelska fartygen och berättade om Samuels planerade flykt och hur han själv ofrivilligt dragits in i en olycklig kedja av händelser. Han berättade också för kaptenen, som hette Anthony Weltden, om Merguis förstärkta försvar. Anthony berättade senare om sina order för Samuel. Samuel själv och alla engelsmän som var anställda av siameserna skulle transporteras till Madras. De skulle också skriva under ett avtal om att de följde med frivilligt. Efter detta kopplade Samuel på sin charm för att försöka lura kapten Weltden.

Anthony Weltden skickade ett brev till hovet i Ayutthaya och krävde 65 000 pund i skadestånd för kompaniets räkning. Siameserna fick 60 dagar på sig att uppfylla kraven och under tiden tänkte engelsmännen beslagta alla siamesiska fartyg de ville och hålla kvar dessa tills kraven uppfyllts. Den 30 juni skickades brevet till Ayutthaya.

Samuel lät plötsligt arrestera Francis Davenport, vilket Anthony Weltden naturligtvis fick reda på. Han krävde hans frigivande inom fem dagar och den 4 juli släpptes han också och gick ombord på Weltdens fartyg. Francis försökte nu få Weltden att förstå att Samuel inte var den som gav sig så lätt och att han var beredd till strid.

Han lyckades emellertid inte riktigt övertyga Anthony Weltden om hur utspekulerad Samuel egentligen var. Anthony beslöt sig emellertid för att borda Samuels eget fartyg Resolution som låg i hamnen i Mergui. Detta lyckades också utan att fartygets besättning gjorde motstånd. Samuel själv befann sig på annat håll utmed Tenasserimkusten under denna händelse.

Den 11 juli kom Samuel tillbaka till Mergui. Han blev halvt galen av ilska över nyheterna och bad om ett möte med Anthony Weltden. Med en stark livvakt gick Anthony i land. När Samuel lugnat ner sig såg det ut som om de två försonats igen. Förmodligen hade Samuel tänkt ut en plan som gick ut på att påskina att han och Anthony stod på god fot med varandra och att han var beredd att följa med till Madras. Därefter skulle han få det att se ut som om siameserna, på eget initiativ, anföll och brände Anthony Weltdens fartyg.

Samuels egen flykt från Mergui, med skeppet Resolution, skulle förklaras med att han själv var tvungen att komma undan de uppretade siameserna. Denna plan kan ha förberetts en tid innan Samuel återvände till Mergui. Samuels raseriattack kan ha berott på att planen blivit svårare att genomföra eftersom Resolution hade flyttats och låg mellan fartyget Curtana och ett kanonbatteri i skogen som han tänkt använda mot engelsmännen.

Det kunde tänkas bli överlevande från Curtana vars vittnesmål kunde bli mycket besvärande för honom. Det skulle bli svårt att förklara varför Resolution inte hade drabbats av de inföddas vrede. Nu fanns det ingen annan utväg än att försöka genomföra den ursprungliga planen så bra som möjligt. De kommande dagarna gjorde Samuel allt för att låtsas att han tyckte om Anthony Weltden.

Francis Davenports ihärdiga försök att varna Anthony Weltden för Samuel hjälpte inte. Samuel kan mycket väl också ha frestat Anthony med någon lukrativ affär. Kaptenen var fattig och trodde uppenbart att han kunde göra sig en slant, samtidigt som han uppfyllde sina order.

Tragiskt nog hade de siamesiska ämbetsmännen i Mergui inte förstått Samuels plan och fruktade i stället att Samuel skulle lämna över Mergui till engelsmännen. De fastboende engelsmännen hamnade nu i en utomordentligt farlig situation. Sent på kvällen den 14 juli, då Samuel följde Anthony Weltden och hans vakt till kajen för att åka tillbaka ut till sitt fartyg, överfölls de plötsligt och oväntat av infödda. Anthony träffades av ett svärdshugg i huvudet och föll till marken. Samuel hade större tur då någon okänd lyckades knuffa honom i säkerhet.

Anthony Weltden och hans vakt förmodades ha dödats och Samuel begav sig mot sitt hus, där en okänd folkmassa väntade på honom, vilket fick honom att försöka ta sig ut till Anthonys fartyg. Det visade sig dock att Anthony hade klarat sig och omringad av skjutande fiender hade han först gömt sig på land och hade sedan lyckats ta sig ut till sitt fartyg.

Samuel förstod nu att hans plan hade gått om intet och att detta var ett uppror riktat mot alla engelsmän. Hans enda räddning var att ta sig bort från Mergui och försöka ta sig ut till sitt fartyg Resolution, vilket han till sist lyckades med. Siameserna skickade ut brinnande båtar som fördes av tidvattnet mot Resolution och Curtana, men Samuel lyckades föra bägge fartygen i säkerhet. Därefter tog han åter kontakt med Anthony Weltden. De två diskuterade nu om man skulle försöka återvända till Mergui, för att rädda eventuella överlevande landsmän, men till sist gav man upp tanken på detta.

Det visade sig att inte mindre än sextio engelsmän miste livet i Mergui under massakern natten den 14 juli. Richard Burnaby mördades i sitt hem och även kapten Alexander Leslie blev mördad, men en hel del tyder på att Alexanders fru Mary och hennes barn skonades. Förmodligen tillbringade hon och barnen resten av sina liv i Mergui. En av hennes söner verkar ha gift sig här och kanske finns det fortfarande ättlingar till familjen Leslie i Mergui!

Samuel hade nu möjlighet att fly hem till England när det passade honom, men insåg att en förhastad flykt skulle verka alltför misstänkt. Han skulle kanske bli anklagad för massakern. Den 18 juli ville några av de engelska officerarna arrestera Samuel vilket dock inte Anthony Weltden gick med på. Den 24 juli siktades en siamesisk flotta som Samuel ville ta strid med, men inte Anthony, och de seglade ut på öppet vatten dit de mindre siamesiska fartygen inte kunde följa dem. Det är troligt att den siamesiska flottstyrkan kommenderades av Cropley.

Efter att ha spenderat de följande månaderna på olika öar och platser seglade Samuel och Anthony Weltden gemensamt mot Madras den 20 november. Francis Davenport lyckades på något sätt reta upp Anthony och Samuel så mycket under resan att de två faktiskt planerade att mörda honom. Mordplanen genomfördes dock inte och Francis nådde slutligen helskinnad fram till Madras. Samuel däremot beslöt sig nu för att lura Anthony och han lyckades smita ombord på ett fartyg med destination England den 20 januari 1688, utan att bli avslöjad.

I Mergui var nu de siamesiska ämbetsmännen nya herrar. De kände sig lite osäkra i sin nya situation. Det siamesiska systemet uppmuntrade ju inte självständiga initiativ och den tidigare regenten var ju faktiskt Constantines gode vän. De skrev en rapport till Ayutthaya om det inträffade där sanningen friserades en smula så att det skulle se ut som om Samuel tänkt lämna över Mergui till engelsmännen.

Denna rapport valde man att tro på vid hovet i Ayutthaya och i augusti 1687, en månad efter massakern, förklarade kungen av Siam formellt krig mot det brittiska Ostindiska kompaniet. Kriget skulle ta formen av beslagtagandet av kompaniets fartyg och en fullständig stängning av kompaniets affärer i Siam. De engelska frihandlarna var dock undantagna.

Constantine skickade en fransman och en mindre styrka franska soldater till Mergui för att ersätta den mördade Richard Burnaby.