Fantastiskt nog erbjöd nu Constantine Samuel att bli hans efterträdare om han skulle dö och ställningen som premiärminister, men Samuel avslog erbjudandet. Constantine tog detta med fattning och Samuel tilläts att återvända till sin gamla befattning i Mergui, vilket han önskade. Innan Samuel reste i väg begärde han i princip oinskränkt makt i Mergui vilket Constantine också beviljade honom.

Den 16 oktober 1686 reste Samuel och hans sällskap tillbaka till Mergui dit han anlände den 27 oktober. Samuel kunde nu fortsätta där han slutat och blev om möjligt ännu vildare och våldsammare. Francis Davenport önskade att få slippa fortsätta med sitt falska bokföringsarbete och bad också Samuel om lov att få lämna Mergui. Han övertalades dock att stanna ytterligare en tid.

I december 1686 fick Samuel ett brev från Constantine med en varning om att kompaniet kanske förberedde en attack mot Mergui. Davenport blev nu ännu mer angelägen om att lämna Mergui och alltmer övertygad om att slutet för Samuel närmade sig. Uppenbart tyckte nu också Samuel att det var dags att avsluta sin verksamhet och började planera sin flykt från Mergui. Han ägnade sin uppmärksamhet åt att ta fram olika förfalskade dokument, som skulle se till att han kunde klara av ett eventuellt åtal för sjöröveri.

Den 1 april började han leta efter ett gömställe i övärlden. Här tänkte han hålla sig gömd tills monsunvindarna blev de rätta i oktober efter regntiden, för att därefter segla hem till England. Det var bara Francis Davenport som kände till hans planer. Det började dock ryktas om vad som var på gång och Samuel var mycket rädd att ryktena skulle nå Ayutthaya. Flykten planerades att påbörjas den 26 juni.