Plötsligt fick Samuel själv order om att bege sig till Ayutthaya. Detta kom säkert som en chock för honom och det angavs heller ingen grund för kallelsen. Först tänkte Samuel strunta i ordern, då han uppenbart fruktade för sin personliga säkerhet. Efter ytterligare uppmaningar från Ayutthaya bestämde han sig ändå för att resa dit.

Vad hade då hänt med Richard Burnaby? Han fanns fortfarande kvar i Mergui, men hade ingen reell makt och så ville Samuel också ha det, trots Constantines ambition om att de två skulle samarbeta. Richard var också kallad till Ayutthaya, vilket Samuel dock satte stopp för.

Samuel tog med sig Francis Davenport och några andra män när han reste till Ayutthaya och de kom fram på kvällen den 1 juni 1686. Samuel hade fått feber dagen innan de nådde fram och kungen och Constantine befann sig i Lopburi. Förmodligen handlade det om malaria. Trots sitt tillstånd reste Samuel vidare till Lopburi dagen efter, medan Francis stannade kvar i Ayutthaya.

Den 6 juni fick Francis ett brev som berättade att Samuel kanske var döende och han reste därför också upp till Lopburi dit han anlände den 8 juni, men Samuels tillstånd förbättrades. Trots att Samuel legat sjuk i ett hus alldeles framför sin gode vän Constantines palats hade han inte fått något besök eller några brev från honom under sjukdomstiden. Samuel försökte nu söka upp Constantine personligen, men fick hela tiden beskedet att han var upptagen och Samuel insjuknade igen. Även den här gången återhämtade han sig.

Till sist förlät Constantine Samuel, men han gjorde klart för honom att han visste en hel del om vad han sysslade med och förklarade också att han inte kunde räkna med hans fortsatta beskydd om han fortsatte på samma vis som tidigare.