Utvecklingen i de sydliga malajprovinserna var säkerhetsmässigt betydligt allvarligare än separatistplanerna i nordöst. Phibuns försök att tvinga på folket nya seder och uppförandekodex i slutet av kriget och att ersätta islamisk lag med den thailändska hade orsakat kraftigt motstånd med starkt folkligt stöd.

Khuang- och Thamrongregeringarna hade lättat på kraven, men det uppstod nya problem med utbildningspolitiken som främst riktat sig mot kineserna, då man förbjöd undervisning på malay. Malajerna kände sig som undersåtar till en främmande kolonial makt och i augusti 1947 gav de regeringen en lista med krav på regionalt självstyre inom administrationen, utbildningsväsendet, skatteväsendet, religionen, språket och rättsväsendet.

Thamrongs regering hade svarat med att lova dem ett hänsynsfullt övervägande av deras krav. Phibuns svar, då han kom till makten, var emellertid att arrestera och fängsla de viktigaste malajledarna i fyra provinser och förbjuda malajiska och islamiska organisationer.

Den viktigaste muslimske ledaren var en man vid namn Haji Sulong หะยีสุหลง och han arresterades den 16 januari 1948 anklagad för förräderi, vilket resulterade i en omfattande revolt i Pattani, Yala och Narathiwat i april samma år. Revolten slogs ner av siamesiska regeringsstyrkor med massivt våld, där även flygbombningar ingick. Under en sexmånadersperiod dog hundratals personer. Haji Sulong frigavs visserligen 1952 men han försvann senare tillsammans med sin äldste son Ahmad Tomeena อาหมัด โต๊ะมีนา 1954. Förmodligen blev de mördade av Phao Sriyanonds polis.

Lärare i söder ledde motståndet mot regimen genom att starta egna så kallade pondok-skolor, som undervisade på den lokala dialekten och enligt muslimska principer. Haji Sulongs son Ahmad Tomeena och andra ledare valdes in i representanthuset där de arbetade för att få sina krav igenom i parlamentet. Liksom i nordöst lät Sarit arrestera och fängsla ledarna från söder och anklagade dem för att vara separatister. Efter att ha blivit frisläppta flydde de och många av deras anhängare till Malaya. En undergrävande verksamhet organiserades för att främja islam och socialism.

I Malaya, som hette Malajiska unionen (Sahaphap Malayu) สหภาพมาลายา mellan 1946-1948 och som bytte namn till Malajiska federationen (Sahaphantharat Malayu) สหพันธรัฐมลายู den 31 januari 1948, började en kraftfull kommunistisk gerilla tillhörande Malayan Communist Party (Phak Khommiwnit Malaya) พรรคคอมมิวนิสต์มลายา (MCP) slå till mot den brittiska regimen i juni 1948 och sympatin för dem på andra sidan gränsen var stor.

Gerillan dominerades av etniska kineser och ledaren hette Chin Peng จีนเป็ง (21 oktober 1924-16 september 2013). Chin Peng hade under andra världskriget kämpat mot japanerna i Malaya och hade då fått stöd av britterna. Efter kriget hade han mottagit en ärebevisning av Louis Mountbatten under en segerceremoni i Singapore. 

(Chin Peng 1951)

Den välbeväpnade gerillan fanns i gränsområdet mellan Malajiska federationen och Siam och Phibun var beredd på att samarbeta med britterna i unionen, mot de kommunister som använde siamesiskt område som tillflykt i sitt gerillakrig mot britterna. Detta resulterade i att det snart fanns stora militära styrkor i regionen som hade västerländskt stöd.

Kriget som till sist mer liknade ett inbördeskrig slutade inte förrän 1960. Då hade den Malajiska federationen redan uppnått självständighet den 31 augusti 1957 och gerillan kunde inte längre använda sin antikoloniala propaganda. Landet bytte namn till Malaysia den 16 september 1963.

Chin Peng hade först dragit sig tillbaka till södra Thailand och i slutet av 1960 begav han sig till Kina där han blev kvar många år. Gerillan lade ner sina vapen 1989 och i slutet av året deltog Chin Peng i ett möte med representanter från Malaysias och Thailands regeringar. Detta resulterade i fredsavtal mellan MCP och de båda regeringarna och Chin Peng tilläts slå sig ner i exil i södra Thailand. Han försökte senare få återvända till Malaysia, vilket han dock nekades.

Chin Peng dog nästan 89 år gammal på ett sjukhus i Bangkok den 16 september 2013. Inte ens hans kvarlevor tilläts återvända till Malaysia.