Efter att portugiserna förlorat Malacka till nederländarna 1641 och sultanatet Acehs styrka minskade, på grund av nederländarnas ökande makt i regionen, stärktes Johors ställning i Malackasundet. Innan dess hade Aceh hunnit attackera Johor både 1613 och 1615.

Riket Melayu (Jambi) hade också blivit en regional ekonomisk och politisk makt på Sumatra. En planerad giftermålsallians mellan Johor och Melayu hade misslyckats och i stället utbröt det ett krig mellan de båda rikena 1666 som skulle vara i 13 år. Kriget blev en katastrof för Johors dåvarande huvudstad Batu Sawar som intogs och plundrades av Melayu 1673. Sultanen flydde till Pahang där han dog fyra år senare. Hans efterträdare, Sultan Ibrahim (r. 1677–1685), fick sedan hjälp från Makassar มากัสซาร์ på Sulawesi (Celebes) i försöken att besegra Melayu.

1679 lyckades Johor till sist besegra Melayu, men hamnade i en prekär situation då de som hjälpt dem vägrade att återvända hem till Sulawesi samtidigt som den muslimska folkgruppen minangkabau (minangkhabao) มินางคเบา på Sumatra började hävda sitt inflytande.

Då Malacka upphörde att vara en viktig hamn på 1600-talet blev Johor den dominerande regionala makten. Nederländarnas politik i Malacka gjorde att många handelsmän i stället seglade till en hamn i Riau (Riyao) รีเยา, med alla dess öar, som Johor kontrollerade. Handeln här blev snart större än handeln i Malacka. Det nederländska Ostindiska kompaniet var inte glada över detta, men man bröt inte alliansen med Johor då rikets stabilitet var viktig för handeln i regionen.

(Provinsen Riau i Malaysia)

Tidigare ingick också Riau-öarna i provinsen, men dessa blev en egen provins 2004.

(Riau-öarna som i dag är en egen provins i Malaysia)

Johors sultan uppmuntrade handeln och handelsmännen gynnades och skyddades och blev välmående. Det fanns gott om varor att handla med till bra priser och Riau blomstrade. Fartyg från Kambodja, Siam, Dai Viet (Vietnam) och från hela den malajiska arkipilagen seglade hit för att handla.

Fartyg från Makassar gjorde också Riau till ett centrum för kryddhandeln. Andra varor som omsattes var tyger, opium (fin) ฝิ่น, havs- och skogsprodukter, tenn, peppar och lokalt odlad gambir (kamia) กะเมีย. Handeln var belagd med låga avgifter och laster kunde lossas och lagras utan problem och handelsmännen behövde inte utöka sina krediter då vinsterna var goda.

Gambir som även kallas gul katechu, är ett extrakt från kvistar och blad från ett par buskar som framför allt odlas på Sri Lanka och Sydostasien. Det användes som garvningsmedel och också för att färga siden- och bomullstyger till en brun färg.