Förhållandet mellan Siam och Portugal hade från början fungerat relativt smidigt. Efter att Spanien och Portugal bildat den Iberiska unionen hade portugiserna gradvis blivit alltmer arroganta mot kungarna Ekathotsarot och Songtham. Vi får heller inte glömma den väpnade konflikten mellan Portugal och Nederländerna. Nederländarna gjorde tre misslyckade försök 1606, 1608 och 1615 att erövra Malacka från portugiserna. De hade samarbetat med Johors sultan 1606, enligt den tidigare omtalade alliansen mellan de båda rikena.
Trots det spända läget mellan Siam och den Iberiska unionen kom den förste portugisiske jesuiten (yesuit) เยสุอิต till Ayutthaya under den här tiden. Han hette Balthasar Sequeira บัลทาซาร์ เซเกอีร (omkring 1550-november 1609) och han hade lämnat Portugisiska Indien อินเดียของโปรตุเกส i slutet av 1606. Därefter seglade han över Bengaliska viken och tog sig sedan landvägen via Mergui och Tenasserim till Ayutthaya.
Balthasar var framme i Ayutthaya någon gång mellan den 19 och den 26 mars 1607, men under sin drygt två och ett halvt år långa vistelse i Siam blev Balthasars hälsa blev allt sämre. Efter trettio år i tropikerna dog han i Phetchaburi i november 1609 då han var på väg hem till Goa.
Ett exempel på den portugisiska arrogansen mot Siam visade sig 1613 när en portugisisk flotta på väg från Goa till Ayutthaya attackerade och plundrade Kedah utan Ayutthayas godkännande. Spanjorerna i sin tur bordade, plundrade och brände en djonk med last tillhörande kung Songtham omkring 1613. Fartyget var på väg hem till Ayutthaya från Kanton (Guangzhou).
Songtham blev rasande och tänkte först bränna alla spanska och portugisiska handelsmän och jesuiter, då de lydde under samma kung. Han besinnade sig emellertid och införde i stället ett embargo mot alla portugisiska fartyg i hamnarna på Malackahalvön. Han arresterade och fängslade dock alla portugiser, inklusive jesuitprästerna och några handelsmän som handlade med tenn på Phuket. De satt sedan fängslade i två år. Denna spansk-portugisiska dispyt med kung Songtham varade i 15 år fram till hans död 1628 och gjorde att nederländarna och japanerna till sist blev de dominerande handelsmakterna i området.
Ett fartyg, under befäl av spanjoren Don Fernando de Silva, drabbades 1624 av en kraftig storm då det var på väg tillbaka till Manila från Macao. Fartyget hade en mycket värdefull last. Värdet på lasten uppskattades till 500 000 dukater. Vad det motsvarar i dagens penningvärde vet jag ej. Det finns källor som säger att fartyget var portugisiskt och som anger året till 1617! Förväxla heller inte Don Fernando de Silva med den kommande Fernándo de Silva.
Don Fernando försökte nå en skyddad hamn i Siam, men hans fartyg led skeppsbrott vid sandbanken i Chaophrayaflodens mynning. Uppenbart lyckades man rädda både sig själva och sin dyrbara last. Don Fernando köpte därefter två galeoner som ersättning för sitt gamla fartyg. Då segelsäsongen närmade sig sitt slut och man inte kunde komma i väg tillräckligt snabbt skickade Don Fernando därför ett mindre fartyg med åtta spanska sjömän och en del av den räddade lasten till Manila.
Efter ett rykte om att nederländarna hade kapat detta fartyg genomförde Don Fernando i augusti 1624 en hämndattack mot en nederländsk fregatt vid namn Cleen Zeelandt. Under natten tog sig spanjorerna ombord och lade beslag på detta fartyg, som tillhörde VOC. Under attacken förlorade spanjorerna bara en enda man. Cleen Zeelandts besättning togs till fånga och spanjorerna lade beslag på lasten.
Kung Songtham informerades om händelsen av Pieter van der Elst [thai? svår] [född? svår], som var direktör för det nederländska faktoriet mellan 1624 och 1626. Kungen skickade sedan ett meddelande till Don Fernando där han uppmanade honom att återlämna fartyget och frige besättningen, då kapningen hade ägt rum på Chaophrayafloden som var siamesiskt territorium. Don Fernando svarade att han inte tänkte följa uppmaningen och använde ett språk som ansågs förolämpande mot kungen. Songtham blev rasande och beordrade därför en attack mot spanjorerna.
En stor flotta med hundratals siamesiska och japanska soldater omringade sedan de två spanska galeonerna. Spanjorerna försvarade sig och försökte sedan fly, men i den allmänna röran gick en av deras galeoner på grund och fartyget äntrades. Under de hårda striderna dödades 150 spanjorer och 25 av kungens soldater. Don Fernando deltog själv i striden och dog med sitt svärd i sin hand.
Siameserna hade därmed återerövrat Cleen Zeelandt och dess tillfångatagna besättning, men fartygets last fördes till kung Songthams lager. Nio döda nederländare och de som sårats fördes till det nederländska faktoriet. Märkligt nog finns det källor som säger att Don Fernando fick en grym avrättning! Det verkar ju vara ett missförstånd.
De 30 överlevande spanjorerna fängslades och deras fartyg konfiskerades och plundrades. Efter förhandlingar med nederländarna återlämnade kung Songtham Cleen Zeelandt, men fartygets last förblev i kungens lager. Den nederländske generalguvernören Pieter de Carpentier (19 februari 1586-5 september 1659) i Batavia skickade därför en man vid namn Jan Van Hasel till Siam för att förhandla om lasten och han lyckades faktiskt få tillbaka delar av den.
Sent 1625 anlände fader Pedro de Morejon เปดรู มูรีฌอน (1562-1633), en spansk jesuit, till Manila från Rom โรม via Siam. Med sig hade han nyheten om vad som hänt med Don Fernando de Silva. Därefter fortsatte han till Macao. Att spanjorerna i Manila inte agerade berodde troligen på att Manilas guvernör Alonso Fajardo de Entenza (?-juli 1624) hade dött i juli 1624 och att en ny tillfällig guvernör hade utsetts.
Manilas tillfällige guvernör Fernándo de Silva skrev sedan till jesuitledarna i Macao och bad dem om att få använda fader Pedro till ett förhandlingsuppdrag i Siam. Det handlade om att försöka få Don Fernando de Silvas män frigivna, att få tillbaka de spanska fartygen och deras last från siameserna. Förväxla inte Fernándo de Silva med den ovan nämnde och avlidne Don Fernando de Silva!
Jesuiterna på Macao gick med på detta och fader Pedro återvände från Macao till Manila tillsammans med den portugisiske jesuitprästen António Francisco Cardim อันโตนิโอ การ์ดิง (1596-30 april 1659). António Francisco Cardims uppdrag var att starta en missionsverksamhet i Ayutthaya. Guvernören förberedde ett fartyg och António samt några spanjorer med hög status skickades i väg mot Siam i januari 1626.
Spanjorerna fick tillträde till hovet i mars 1626 och fick ett hjärtligt mottagande. Här började man nu förhandla om de spanska fångarna, beslagtagna spanska vapen och det som funnits i skeppens last. Trots att kungen beordrade att allt skulle återlämnas blev det inte så. Det visade sig nämligen att de siamesiska soldaterna redan hade delat upp det de ville ha emellan sig. Därför återlämnades bara det som blivit över och som sägs ha varit värt sammanlagt 10 000 pesos.
Angående de spanska fångarna så gick det bättre och de frigavs. Fader Pedro återvände till Manila dit han anlände i augusti 1626. Här lämnade han över en present från kung Songtham till den nye filippinske guvernören Juan Nino de Tabora (?-22 juli 1632). António Francisco Cardim stannade kvar i Ayutthaya, där han fick tillstånd att missionera. Han återvände till Macao 1629 där han rapporterade om svårigheterna med att driva missionsverksamhet i Siam.
Ett nederländskt örlogsfartyg, som blockerade Malacka, beslagtog 1628 ett siamesiskt fartyg som var på väg med ris från Ayutthaya till Malacka. När det blev känt att fartyget tillhörde Yamada Nagamasa släpptes det eftersom nederländarna kände till att Yamada var högt respekterad av kung Songtham. Nederländarna ville nämligen inte dras in i en diplomatisk konflikt med Siam och dessutom försåg Yamada nederländarna med djurhudar och han ombads faktiskt att utöka sin handel med Batavia.