Kung Maha Thammaracha I rev det som var kvar av Ayutthayas gamla murar 1580 och byggde nya som blev starkare än någonsin tidigare. Det grävdes också nya kanaler och man köpte kanoner av portugiserna. Siameserna motiverade dessa köp med att de skulle användas mot de aggressiva khmererna. Detta för att inte oroa burmeserna i onödan.

Runt 1580 verkar ha varit en vändpunkt i Ayutthayas förhållande till Burma och siameserna visade beslutsamhet och självtillit då man förbättrade sitt försvar och då man återigen hade förmågan att samla ihop arbetskraft till ett så stort bygge som den nya försvarsmuren.

Hovet oroades 1581 av ett gåtfullt folkligt uppror lett av en självutnämnd helig man med magiska egenskaper i området mellan Ayutthaya och Lopburi. Denne man, som vi tyvärr inte vet så mycket om, är känd under namnet Yan Phichian ญาณพิเชียร och upproret kallas Yan Phichianupproret (Kabot Yan Phichian) กบฏญาณพิเชียร. Chaophraya Chakri och flera andra siamesiska ämbetsmän dödades i upproret och framgångarna fick missnöjda bönder att ansluta sig till upproret och till sist hade Yan Phichians styrkor växt till 3 000 man.

Det siamesiska hovet stärkte därefter sina ställningar vid Lopburi. Upproret stoppades närmast av en tillfällighet då en "utlänning" vid namn Amarawadi อมรวดี, som kanske var en indier eller en portugis, sköt Yan Phichian då han attackerade Lopburi. Efter detta flydde hans anhängare in i djungeln.