Sequeira rapporterade senare till Afonso de Albuquerque อัลฟองโซ เดอ อัลบูเคิร์ก (1453-16 december 1515) om det inträffade i Malacka. De Albuquerque hade efterträtt Almeida som vicekung i Goa 1509. En källa säger att de Albuquerque erövrade Goa 1510! Efter att ha gjort Goa till portugisernas östra högkvarter och marinbas beslöt de Albuquerque sig för att erövra Malacka.
(Afonso de Albuquerque)
I april eller maj 1511 seglade de Albuquerque mot Malacka med 17 eller 18 fartyg och en militär styrka på 1 100, 1 200 eller 1 400 man. I styrkan ingick också indiska soldater. Som du kan se så varierar bland annat datum, årtal, antal fartyg och antal trupper i de olika källorna. Det finns också källor som talar om 19 fartyg och 3 000 soldater. Via Sumatra kom de Albuquerque fram till Malacka den 1 juli 1511. Han gick inte omedelbart till attack med tanke på de portugisiska fångarna som fängslats i Malacka 1509.
En nederländsk skildring, som skrevs långt senare, berättar hur portugiserna anlände till Malacka samma dag som ett bröllop firades mellan sultanen av Pahang och en dotter till sultanen av Malacka. De portugisiska fartygen styrde in i hamnen med sina flaggor och vimplar hissade, blåsandes i trumpeter samtidigt som de sköt salut. Under tiden åkte bröllopsgästerna runt i staden i en magnifik triumfvagn med trettio hjul.
Albuquerque begärde omedelbart att de portugiser som man tvingats lämna kvar 1509 skulle friges och att de skulle ha ekonomisk kompensation för de varor som de tvingats lämna kvar samma år. Under tiden försökte portugiserna i hemlighet skaffa sig information om hur fortet i Malacka fungerade.
Efter viss tvekan överlämnades fångarna och förhandlingar inleddes, men de bröt snart samman. De Albuquerque började därefter bombardera Malacka för att testa stadens försvarsförmåga och den 25 juli gjorde han en landstigning och snart ökade kraven från de Albuquerques sida. Malacka skulle nu också erkänna Portugals överhöghet.
När detta avslogs anföll portugiserna med full kraft, men i början stod fortet emot flera attacker. Här säger en källa att portugiserna mutade en man inne i fortet som såg till att huvudporten öppnades. Portugiserna strömmade nu in i staden och malajerna var chanslösa mot portugisernas moderna vapen.
Den 24 augusti 1511 föll Malacka. Många människoliv hade gått till spillo och förödelsen var stor i staden. Portugiserna tog ett stort krigsbyte och Ferdinand Magellan, som hade avancerat till kapten, var liksom 1509 även med på denna expedition. Han köpte en ung malaj som slav som fick tjäna som hans betjänt och tolk.
Då portugiserna härjade staden och palatset hade sultan Mahmud Shah redan flytt från Malacka till Pahang och senare till ön Bintan เกาะบินตัน i nuvarande Indonesien, där han etablerade en ny huvudstad. Här anges hans regenttid till 1513-1528. Med Bintan som bas samlade sultanen de skingrade malajstyrkorna. Härifrån genomfördes sedan flera misslyckade attacker och blockadförsök mot portugiserna i Malacka.
Malajernas ständiga attacker mot Malacka var mycket besvärande för portugiserna och de blev övertygade om att de var tvungna att krossa sultanens styrkor. Det var inte förrän 1526, efter flera tidigare försök, som portugiserna intog och jämnade huvudstaden på Bintan med marken. Exsultanen retirerade till Kampar กัมปาร์ på Sumatra där han dog två år senare i 1528. Han lämnade efter sig de två sönerna Muzaffar Shah มูซัฟฟาร์ ชาห์ och Alauddin Riayat Shah อัลอุดดิน เรียยาด ชาห์.
Förväxla inte Muzaffar Shah med den tidigare sultanen med samma namn som regerade i Malacka 1445-1459. Vi har också en Alauddin Riayat Shah som regerade i Malacka 1477-1488, som heller inte är den samme som Alauddin Riayat Shah här ovan.
Muzaffar Shah grundade sedan sultanatet Perak (r. 1528-1549) medan Alauddin Riayat Shah blev sultanatet Johors grundare och dess förste regent under titeln Alauddin Riayat Shah II สุลต่านอัลอุดดิน เรียยาด ชาห์ที่ 2 (r. 1528-1564). Alauddin Riayat Shah II och hans efterträdare i Johor fick utstå portugisiska attacker från Malacka och från sultanatet Aceh på Sumatra, men lyckades ändå försvara sin position här.
Alauddin Riayat Shah II och Johor genomförde också attacker mot portugiserna i Malacka tillsammans med sin bror i Perak och sultanen av Pahang. Vid den här tiden var Malacka försvarat av det portugisiska fortet A Famosa อาฟาโมซา som stod färdigt 1512. Fortet hade delvis byggts upp av sten från malajiska gravar, en moské och andra byggnader. I dag återstår bara ruinen av en av fortets portar.
Portugiserna upptäckte snart att kontrollen över Malacka inte automatiskt innebar kontroll över den asiatiska handeln i regionen och deras tid i Malacka präglades av svårigheter. Liksom de tidigare regenterna här var de inte självförsörjande utan fick i hög grad lita på att de fick nödvändiga leveranser från andra ställen i Asien. Försöken att missionera kristendom, som också hade varit ett av portugisernas mål, blev heller inte framgångsrika då islam redan var fast förankrat bland den lokala befolkningen.
Portugiserna hade ont om både medel och arbetskraft och administrationen var oorganiserad. Chefsordningen var oklar och korruptionen och ineffektiviteten var utbredd. Konkurrensen från andra hamnar i regionen, såsom Johor och Aceh, gjorde att asiatiska handelsmän undvek Malacka och stadens betydelse som handelsplats minskade. Portugisernas ambition, att dominera handeln i regionen, hade därmed misslyckats och i stället orsakat stora störningar i den asiatiska handeln.
Då portugiserna ofta var i konflikt med Johor passade sultanatet Aceh på att genomföra räder mot båda dessa rikens intressen för att stärka sin makt i Malackasundet. Detta fick portugiserna och Johor att ingå en vapenvila och i stället rikta sin uppmärksamhet mot Aceh.
Freden blev emellertid inte så långvarig då Acehs makt avtog och Johor och portugiserna återigen började med fientliga handlingar mot varandra. Innan dess hann Aceh dock med att plundra Johors dåvarande huvudstad Kota Batu โกตาบาตู 1564. Alauddin Riayat Shah II fördes bort till Aceh där han blev dödad.
Tidigt på 1570-talet hade Johors nye sultan Ali Jalla สุลต่านอาลียัลลา (r. 1571-1597) återvänt till området vid den gamla huvudstaden Kota Batu där han grundade en ny huvudstad vid namn Johor Lama ยะโฮร์ลามา. Det som nu hände var att Ali Jalla konfiskerade en last från ett portugisiskt fartyg som lidit skeppsbrott i mynningen på Johorfloden แม่น้ำยะโฮร์.
Detta uppskattades naturligtvis inte av portugiserna som hämnades genom att förbjuda handelsmännen i Malacka att handla med Johor. 1576 och 1578 försökte portugiserna också inta Johor Lama utan att lyckas.
Ali Jalla tvingade sedan fartyg att angöra Johor Lama och attackerade själv Malacka i januari 1587. Portugisernas svar blev en blockad av Johorfloden och senare samma år attackerade man också Johor Lama. Den befästa huvudstaden försvarades av 12 000 man, men portugiserna lyckades ändå förstöra fortet. Johors huvudstad flyttade därefter till Batu Sawar บาตูซาวาร์ längre uppför Johorfloden. Johor Lama byggdes sedan upp igen, men blev ännu en gång förstörd av portugiserna 1604.
Portugisernas erövring av Malacka 1511 hade gjort den kinesiske Zhengde-kejsaren (Chakkraphat Choengtoe) จักรพรรดิเจิ้งเต๋อ (r. 1505-1521) rasande. Han hade fått vetskap om det inträffade genom sändebud från sultan Mahmud Shah. Kejsaren svarade med en brutal förföljelse av portugiserna i Kina.
Bland de tidigaste offren var portugisiska sändebud i Kina ledda av Tomé Pires โตเม่ ปิรืช (cirka 1468-1524 eller 1540) 1516, som mottogs med misstänksamhet och fientlighet. Kineserna lät också beslagta all egendom från sändebuden. Flera av dem blev fängslade, torterade och sedan avrättade. Pires ska själv ha dött 1524 efter lång tid i kinesisk fångenskap. Andra källor menar att han hade skickats i exil till provinsen Jiangsu utan att få tillstånd att lämna Kina. Här ska han sedan ha dött 1540.
Två portugisiska flottor som var på väg till Kina 1521 och 1522 blev också attackerade och besegrade av kineserna. Kinesiska handelsmän hade också bojkottat Malacka efter stadens fall 1511. En del kineser från Java ska dessutom ha deltagit i försöken på att återta staden.
Relationerna mellan Kina och Portugal förbättrades gradvis efter att portugiserna hade hjälpt Kina mot japanska pirater längs Kinas kust. 1557 fick portugiserna tillstånd att etablera sig ned i Macao (Makao) มาเก๊า, som blev en ny handelskoloni. Relationerna mellan sultanatet Johor och portugiserna förbättrades också.